Con la pubblicazione dell’atto di indirizzo del Ministero dell’Economia e delle Finanze del 1° luglio 2025, le imprese che hanno usufruito del credito d’imposta per ricerca e sviluppo previsto dall’articolo 3 del Dl 145/2013 e dal Dm 27 maggio 2015 per le attività svolte tra il 2015 e il 2019 dispongono ora di ulteriori chiarimenti utili nella difesa contro gli atti di recupero emessi dall’Agenzia delle Entrate (cfr. Il Sole 24 Ore del 27 agosto 2025).

Questi nuovi elementi, insieme alle numerose pronunce della giurisprudenza, delineano scenari più favorevoli in una vicenda che negli anni ha generato forte incertezza per le imprese innovative, incidendo su un comparto cruciale per l’economia italiana.

I chiarimenti del Mef

Il Mef ha chiarito la distinzione tra crediti “inesistenti” e crediti “non spettanti”, alla luce della nuova definizione introdotta dal Dlgs 87/2024 (modifiche al Dlgs 74/2000).

• Sono da considerarsi inesistenti solo i crediti privi, in tutto o in parte, dei requisiti oggettivi o soggettivi previsti dalle norme istitutive, oppure derivanti da condotte fraudolente.

• Rientrano invece tra i non spettanti i crediti oggetto di contestazioni basate su fonti non normative, come manuali tecnici non richiamati dalla legge o dai decreti attuativi. È il caso più frequente, dato che l’Agenzia delle Entrate fonda spesso i recuperi sulle interpretazioni contenute nel Manuale di Frascati.

Effetti sulle contestazioni

L’esclusione delle valutazioni basate sul Manuale di Frascati dal novero dei crediti “inesistenti” — riconducendole a quelli “non spettanti” — può avere conseguenze rilevanti.

Infatti, mentre per i crediti inesistenti non è previsto il contraddittorio preventivo, per i crediti non spettanti la procedura richiede la notifica di uno schema d’atto (articolo 6-bis, legge 212/2000). Ne consegue che molti atti di recupero già emessi potrebbero essere passibili di nullità se qualificati diversamente in sede contenziosa.

Inoltre, con l’introduzione dell’autotutela obbligatoria e facoltativa (articoli 10-quater e 10-quinquies dello Statuto del contribuente, in vigore dal 18 gennaio 2024), l’amministrazione è tenuta ad archiviare i procedimenti privi dei necessari presupposti, evitando di trascinare i contribuenti in contenziosi destinati a concludersi a loro favore.

A rafforzare questa linea è intervenuta anche la sentenza del Tar Lazio n. 15039 del 29 luglio 2025 (cfr. Il Sole 24 Ore del 30 luglio 2025), che ha chiarito come i principi del Manuale di Frascati non possano essere applicati retroattivamente alle attività di ricerca svolte nel quinquennio 2015-2019.

Le difese a disposizione delle imprese

Alla luce di questi sviluppi, le imprese che ricevono uno schema d’atto o un atto di recupero possono impostare una difesa efficace su due fronti:

1. Dimostrazione della validità delle attività di R&S, documentando l’effettiva realizzazione dei progetti nel periodo 2015-2019 con idonea documentazione tecnica.

2. Contestazione della qualificazione di “inesistenza” del credito, richiamando i chiarimenti del Mef: la presunta mancanza di “innovatività” secondo il Manuale di Frascati non è sufficiente a qualificare il credito come inesistente.

Un ulteriore aspetto favorevole riguarda la decadenza dei termini di accertamento: per i crediti “non spettanti”, l’azione di recupero si prescrive al 31 dicembre del quinto anno successivo alla compensazione. Ciò significa che i crediti utilizzati fino al 2019 non sono più contestabili oltre il 31 dicembre 2024.